Haven, een stad in de staat Main, is op het eerste gezicht een levendige badplaats zoals vele andere in New England, met wat ongewone winkels, pittoreske stranden en een drukke haven. Maar FBI-agente Audrey Parker (Emily Rose) merkte bij haar eerste bezoek voor een routinezaak, al de mysterieuze kant van Haven op. Tijdens haar onderzoek kwam zij achter een goed bewaard geheim: veel inwoners kampen met bovennatuurlijke krachten. Audrey bleek de aangewezen persoon om met deze inwoners en hun krachten om te gaan, in de omgeving bekend als “the Troubles”. Toen bleek dat Haven ook informatie over haar eigen mysterieuze verleden achterhoudt, besloot ze te blijven.

Audrey kreeg een baan bij de politie van Haven en samen met haar partner Nathan Wuornos, een wat cynische rechercheur, probeert ze Haven te beschermen en staat ze de inwoners met bovennatuurlijke krachten bij. Nathan is één van hen en zijn ‘gave’ is dat hij geen tastzin heeft. Hij voelt niets, geen pijn maar ook geen plezier. Maar Audrey blijkt voor hem de enige uitzondering te zijn, hij kan haar aanrakingen wél voelen. Audrey is bijzonder genoeg “immuun” voor de “Troubles” en kan hen door haar mysterieuze gave helpen. Ze lijkt daarnaast vanuit het verleden al gelinkt te zijn aan Haven. Maar hoe dat precies zit, is ze nog niet achter.

Audrey en Nathan maken onderdeel uit van een lokale politie eenheid, maar als ze door de “Troubles” buiten de wet moeten opereren, roepen ze vaak de hulp in van de plaatselijke handelaar Duke Crocker (Eric Balfour). Nathan kent Duke, die met zijn dubieuze bedrijfjes langs de grenzen van de wet manoeuvreert, al sinds zijn jeugd. En zo zijn er meer inwoners van Haven die Audrey helpen, maar ook tegenwerken in haar onderzoek. Zo ook de broers Vince en Dave Teagues (Richard Donat enJohn Dunsworth), eigenaars van de lokale krant en die – zoals velen in Haven – erg bedreven zijn in het stil houden van de diepste geheimen van de stad.

Ook Chef Garland Wuornos, Nathans vader en oud-politiechef van Haven, deed er alles aan om de waarheid te verbergen. Aan het einde van Seizoen 1 onthulde Wuornos dat híj de oorzaak was van de aardbevingen en aardscheuren in de stad, op de momenten dat hij onder stress stond. Hij kon zijn “trouble” uiteindelijk niet meer controleren en brak in stukken. Hij liet daarmee Nathan de taak om zijn functie als politiechef over te nemen.  

Intussen kampt Audrey met een identiteitscrisis. Aan het einde van Seizoen 1 kwam ze er namelijk achter dat ze ooit al in Haven was geweest. Ze bleek 27 jaar eerder onder de naam Lucy Ripley de “Troubled” ook al te hebben geholpen. Omdat ze zich er niets van kan herinneren, begon ze grote vraagtekens te zetten bij haar verleden en of haar komst naar Haven wel toeval was. Seizoen 1 eindigde op het punt waar Audrey Nathan liet weten dat ze ooit als Lucy Ripley door het leven ging, waarop Nathan eindelijk toegaf dat Audrey de enige was die hij kon voelen, en dat een vrouw (Kathleen Munroe) arriveerde in Haven die zich uitgaf voor FBI-agente Audrey Parker, waarmee ze Audrey en Nathan confronteerde.

Met deze confrontatie begint Seizoen 2. Wie is deze vrouw die zegt Audrey te zijn? Is ze een bedrieger, is ze een van de “Troubles”? Terwijl Audrey strijdt tegen de krachten die de stad bedreigen, probeert ze gedurende de verschillende afleveringen alles te weten te komen over die vreemde vrouw. Is ze een vriend of vijand? Dit onderzoek is slechts een kleine stap in de lange zoektocht naar Audrey’s eigen identiteit. Wie ben ik? En ben ik voorbestemd om deze stad te helpen?

Ondertussen worstelt Duke met zijn eigen mysterie, nadat een “troubled” waarzegster in Seizoen 1 hem vertelde hoe hij op een dag zal sterven. Maar voor Duke is dit slechts het topje van de ijsberg. Hij wordt steeds verder meegezogen in het grote vraagstuk van Haven en merkt dat hij op de een of andere manier gelinkt is aan de strijd tegen de krachten die de stad treffen. Een vrouw uit zijn verleden, Evi Ryan (Vinessa Antoine), maakt het hem alleen maar lastiger. Hij blijkt met deze vrouw namelijk nog steeds getrouwd te zijn. Maar waarom is zij hem, nadat zij al die tijd uit elkaar zijn geweest, gevolgd naar Haven?

De strijd met de krachten in de stad komt vooral op de schouders van Nathan terecht. Hij wordt dan ook de nieuwe politiechef, als vervanger van zijn vader die zogenaamd is ‘verdwenen op zee’. En dit is slechts één van de vele dekmantels die Nathan, Vince en Dave moeten verzinnen om maar te voorkomen dat men te weten komt wat er echt gaande is in de stad. Nathan krijgt het dit seizoen ook zwaar te verduren met dominee Edmund Driscoll (Stephen McHattie), de invloedrijke leider van de stad die in Seizoen 1 ook al voor kwam. De dominee heeft de jacht geopend op de “vervloekten” in de stad en hij weigert om de bovennatuurlijke krachten en de situaties in de doofpot te stoppen. Hij wil deze mensen niet helpen zoals Audrey en Nathan, hij wil hen genezen. Maar hoe ver gaat hij daar in?

Audrey, Nathan en Duke komen in Seizoen 2 zelfs op het punt dat ze moeten vertrouwen op – en vervolgens in conflict komen met – andere mysterieuze figuren van de stad. Een van hen is Chris Brody (Jason Priestly), de zoon van de burgemeester – en iemand met een eigen “trouble”. Namelijk een bovennatuurlijke ziekte die voor velen een droom is, maar voor Chris een ware nachtmerrie. En dan is daar ook nog Dwight Hendrickson (Adam Copeland, WWE’s “Edge”), al lange tijd woonachtig in Haven en de man die Nathans overleden vader hielp om de verdachte situaties te verbergen. Als plaatsvervangende politiechef vindt Nathan het zijn taak om Dwight te betrekken in zijn onderzoek.

Haven, gebaseerd op Stephen King’s novelle The Colorado Kid, vertelt het verhaal van Audrey’s onderzoek naar de op het eerste gezicht normale, maar de in wezen eigenaardige stad Haven. Gedurende de seizoenen drijft de zoektocht om zichzelf en de mysteries van Haven beter te begrijpen, haar verder en verder in het nauw…